个人信息
个人简介
工作经历 (Professional Experience)

2018年9月-至今，苏州大学 苏州医学院 基础医学与生物科学学院，副研究员
2016年7月-2018年8月，苏州大学 系统生物学研究中心，副研究员
2012年8月-2016年7月，苏州大学 系统生物学研究中心，讲师


教育经历 (Educational Experience)

2007年9月-2012年7月，中国科学院上海药物研究所， 药物设计，博士
2003年9月-2007年7月，山东中医药大学，中药学，学士


研究领域

1.蛋白质别构(Allostery)机制及药物设计研究：从事蛋白质结构动力学性质方面的工作，运用多种粗粒化网络模型、序列演化分析及分子动力学模拟对蛋白质别构调控机制开展研究；运用计算机辅助药物设计方法开展靶向关键靶标的药物设计研究。


2. 针对翻译后修饰(Post-Translational Modification, PTM)开展结构系统生物学研究：研究PTM位点的序列演化、结构及动力学特征信息，结合人工智能算法构建PTM位点的功能预测模型；分析PTM组学数据的共表达网络特征，结合功能分析探讨PTM拓展的靶标空间开展药物设计研究。

基本信息
头像




梁中洁

职称：副教授

院部/部门：苏州医学院基础医学与生物科学学院

学历：博士

学位：博士研究生

毕业学校：中国科学院上海药物研究所

毕业专业：

联系方式

通讯地址：

邮政编码：

电子邮箱：zjliang@suda.edu.cn

联系电话：

传真号码：

办公地点：苏州大学独墅湖校区403-B304

科学研究

主持科研项目（Research grants)：

1. 国家自然科学基金青年项目，20873999，靶向蛋白质精氨酸甲基转移酶PRMT1的药物发现与机理研究，2014/01-2016/12，已结题，主持


2. 江苏省属高校自然科学研究面上项目，13KJB520022, 靶向精氨酸甲基转移蛋白酶PRMT1的药物发现研究，2013/12-2015/12，已结题，主持


3. 系统生物医学教育部重点实验室开放课题，KLSB2019KF-02，基于蛋白质组学及结构蛋白质网络的胸腺癌化疗诱导机制的模型构建与应用，2020/1-2021/12, 已结题，主持


4. 新药研究国家重点实验室开放课题，SIMM2205KF-11，靶向翻译后修饰位点的药物设计方法开发，2022/5-2023/5, 已结题，主持


5. 横向项目，H201241，基于系统生物学的帕金森疾病的药物靶点发现，2020/12-2021/12，已结题，主持


6. 横向项目，H211278，针对蛋白质翻译后修饰的药物设计，2021/6-，主持


7. 国家自然科学基金面上项目，22377089，蛋白质翻译后修饰位点的功能预测及别构化合物设计研究，2024/1-2027/12，主持



科研团队

合作团队

胡广  http://web.suda.edu.cn/huguang/index.html
严文颖 http://web.suda.edu.cn/wyyan/index.html


论文

2023 (4 Publications)


Z. Liang, T. Liu, Q. Li, G. Zhang, B. Zhang, X. Du, J. Liu, Z. Chen, H. Ding, G. Hu, H. Lin, F. Zhu, C. Luo, Deciphering the functional landscape of phosphosites with deep neural network. Cell Reports 42, 113048 (2023) (SCI 大类一区)

F. Zhu, L. Deng, Y. Dai, G. Zhang, F. Meng, C. Luo, G. Hu, Z. Liang, PPICT: an integrated deep neural network for predicting inter-protein PTM cross-talk. Briefings in Bioinformatics 24, (2023) (SCI 大类二区)

Z. Zhou, Y. Lu, Z. Gu, Q. Sun, W. Fang, W. Yan, X. Ku, Z. Liang, G. Hu, HNRNPA2B1 as a potential therapeutic target for thymic epithelial tumor recurrence: An integrative network analysis. Computers in Biology and Medicine 155, 106665 (2023) (SCI 大类二区，并列通讯作者)

H. Jiang, S. Zu, Y. Lu, Z. Sun, A. Adeerjiang, Q. Guo, H. Zhang, C. Dong, Q. Wu, H. Ding, D. Du, M. Wang, C. Liu, Y. Tang, Z. Liang, C. Luo, A RhoA structure with switch II flipped outward revealed the conformational dynamics of switch II region. Journal of Structural Biology, 107942 (2023) (SCI 大类三区，并列通讯作者)


2022 (2 Publications)


F. Zhu, S. Yang, F. Meng, Y. Zheng, X. Ku, C. Luo, G. Hu, Z. Liang, Leveraging Protein Dynamics to Identify Functional Phosphorylation Sites using Deep Learning Models. Journal of Chemical Information and Modeling 62, 3331-3345 (2022) (SCI 大类二区)

F. Zhu, F. Li, L. Deng, F. Meng, Z. Liang, Protein Interaction Network Reconstruction with a Structural Gated Attention Deep Model by Incorporating Network Structure Information. Journal of Chemical Information and Modeling 62, 258-273 (2022) (SCI 大类二区)


2021 (4 Publications)


Y. Zhu, F. Ye, Z. Zhou, W. Liu, Z. Liang, G. Hu, Insights into Conformational Dynamics and Allostery in DNMT1-H3Ub/USP7 Interactions. Molecules 26, (2021) (SCI 大类二区,并列通讯作者)

H. Zhang, J. He, G. Hu, F. Zhu, H. Jiang, J. Gao, H. Zhou, H. Lin, Y. Wang, K. Chen, F. Meng, M. Hao, K. Zhao, C. Luo, Z. Liang, Dynamics of Post-Translational Modification Inspires Drug Design in the Kinase Family. Journal of Medicinal Chemistry 64, 15111-15125 (2021) (SCI 大类一区)

F. Meng, Z. Liang, K. Zhao, C. Luo, Drug design targeting active posttranslational modification protein isoforms. Medicinal Research Reviews 41, 1701-1750 (2021) (SCI 大类一区，并列一作)

Z. Liang, Y. Zhu, J. Long, F. Ye, G. Hu, Both intra and inter-domain interactions define the intrinsic dynamics and allosteric mechanism in DNMT1s. Computational and Structural Biotechnology Journal 41, 1701–1750 (2021) (SCI 大类二区)


2020 (2 Publications)


Z. Liang, Y. Zhu, X. Liu, G. Hu, Role of protein-protein interactions in allosteric drug design for DNA methyltransferases. Adv Protein Chem Struct Biol 121, (2020)

Z. Liang, G. M. Verkhivker, G. Hu, Integration of network models and evolutionary analysis into high-throughput modeling of protein dynamics and allosteric regulation: theory, tools and applications. Briefings in Bioinformatics 21, 815-835 (2020) (SCI 大类一区)


2018 (2 Publications)


W. Yan, D. Zhang, C. Shen, Z. Liang, G. Hu, Recent Advances on the Network Models in Target-based Drug Discovery. Current Topics in Medicinal Chemistry 18, 1031-1043 (2018) (SCI 大类三区，并列通讯作者)

Z. Liang, J. Hu, W. Yan, H. Jiang, G. Hu, C. Luo, Deciphering the role of dimer interface in intrinsic dynamics and allosteric pathways underlying the functional transformation of DNMT3A. Biochimica et Biophysica Acta. General Subjects 1862, 1667-1679 (2018) (SCI 大类二区)


2016 (1 Publication)


P. Xu, G. Hu, C. Luo, Z. Liang, DNA methyltransferase inhibitors: an updated patent review (2012-2015). Expert Opinion on Therapeutic Patents 26, 1017-1030 (2016) (SCI 大类二区)


2015 (4 Publications)


R. Zhou, Y. Xie, H. Hu, G. Hu, V. S. Patel, J. Zhang, K. Yu, Y. Huang, H. Jiang, Z. Liang, Y. G. Zheng, C. Luo, Molecular Mechanism underlying PRMT1 Dimerization for SAM Binding and Methylase Activity. Journal of Chemical Information and Modeling 55, 2623-2632 (2015) (SCI 大类二区，并列通讯作者)

J. Lu, H. Zeng, Z. Liang, L. Chen, L. Zhang, H. Zhang, H. Liu, H. Jiang, B. Shen, M. Huang, M. Geng, S. Spiegel, C. Luo, Network modelling reveals the mechanism underlying colitis-associated colon cancer and identifies novel combinatorial anti-cancer targets. Scientific Reports 5, 14739 (2015) (SCI 大类二区，并列一作)

Z. Liang, G. Hu, Protein Structure Network-based Drug Design. Mini-Rev Med Chem 16, 1330-1343 (2015)(SCI 大类三区)

Z. Jiang, Z. Liang, B. Shen, G. Hu, Computational Analysis of the Binding Specificities of PH Domains.BioMed Research International 2015, 792904 (2015)(SCI 大类三区，并列一作)


2014 (2 Publications)


K. Zhu, X. Kong, D. Zhao, Z. Liang, C. Luo, c-MET kinase inhibitors: a patent review (2011 - 2013). Expert Opinion on Therapeutic Patents 24, 217-230 (2014) (SCI 大类二区，并列通讯作者)

Y. Xie, R. Zhou, F. Lian, Y. Liu, L. Chen, Z. Shi, N. Zhang, M. Zheng, B. Shen, H. Jiang, Z. Liang, C. Luo, Virtual screening and biological evaluation of novel small molecular inhibitors against protein arginine methyltransferase 1 (PRMT1). Organic & Biomolecular Chemistry 12, 9665-9673 (2014) (SCI 大类二区，并列通讯作者)


2013 and before (6 Publications)


Z. Liang, J. Ai, X. Ding, X. Peng, D. Zhang, R. Zhang, Y. Wang, F. Liu, M. Zheng, H. Jiang, H. Liu, M. Geng, C. Luo, Anthraquinone Derivatives as Potent Inhibitors of c-Met Kinase and the Extracellular Signaling Pathway. ACS Medicinal Chemistry Letters 4, 408-413 (2013)

Z. Liang, L. Zhang, L. Li, J. Liu, H. Li, L. Chen, K. Cheng, M. Zheng, X. Wen, P. Zhang, J. Hao, Y. Gong, X. Zhang, X. Zhu, J. Chen, H. Liu, H. Jiang, C. Luo, H. Sun, Identification of pentacyclic triterpenes derivatives as potent inhibitors against glycogen phosphorylase based on 3D-QSAR studies. Eur J Med Chem 46, (2011)

Z. Liang, D. Zhang, J. Ai, L. Chen, H. Wang, X. Kong, M. Zheng, H. Liu, C. Luo, M. Geng, H. Jiang, K. Chen, Identification and synthesis of N'-(2-oxoindolin-3-ylidene)hydrazide derivatives against c-Met kinase. Bioorg Med Chem Lett 21, 3749-3754 (2011)

Z. Liang, L. Li, Y. Wang, L. Chen, X. Kong, Y. Hong, L. Lan, M. Zheng, C. Guang-Yang, H. Liu, X. Shen, C. Luo, K. K. Li, K. Chen, H. Jiang, Molecular basis of NDM-1, a new antibiotic resistance determinant. PLoS One(2011)

Z. Liang, X. Ding, J. Ai, X. Kong, L. Chen, C. Luo, M. Geng, H. Liu, K. Chen, H. Jiang, Discovering potent inhibitors against c-Met kinase: molecular design, organic synthesis and bioassay. Organic & Biomolecular Chemistry,  (2011)

Z. Liang, T. Shi, S. Ouyang, H. Li, K. Yu, W. Zhu, C. Luo, H. Jiang, Investigation of the catalytic mechanism of Sir2 enzyme with QM/MM approach: SN1 vs SN2? J Phys Chem B 114, 11927-11933 (2010)


荣誉奖励
开授课程

本科生教学： 代谢组学
研究生教学： 蛋白质结构与功能

招生信息

本课题组主要从事蛋白质结构相关的生物信息学研究及药物设计研究，欢迎有兴趣的学生积极加入！