苏州大学农业生物技术与生态研究院生态研究所是学院在环境营养学、养殖水域生态学、微生物学、动植物生态学、水产品食用安全、水环境污染与生物修复等传统学科和研究基础之上成立的研究所，现任所长为苏国兴博士。

研究所是学院生态学、生物学、畜牧学一级学科硕士点依托单位，也是动物学、植物学、微生物学、细胞生物学和生物化学和分子生物学二级学科硕士点重要依托单位和人才培养基地。主要研究方向有分子生态学、毒理生态学、水域生物学、环境生态学和生态发育生物学。近期主要研究任务为：针对我国农业和渔业可持续发展、区域生态环境建设中急需解决的重大问题，在环境污染的生物净化、环境污染的控制技术、环境质量的监测和评价、城市垃圾的无害化处理和处置、污染物对生物行为的影响、污染物在生态系统中的行为等领域开展基础性研究，重点开展水体污染监测和水体污染环境的生态修复领域的研究，为保障区域生态安全和可持续发展、改善生态环境、保障食物安全提供科学依据和关键技术。

经长期的培育式发展，研究所已在水生态系统自净作用、污染生态监测与评价、污染环境的生物修复、生态工程建设、水产品食用安全等五个方面上形成了特色，拥有一批自主知识产权的发明专利和代表性学术成果，可用于技术开发和转让，服务于社会。